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Malik Alawi

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Publikationen

  1. 2023

  2. Craniofacial dysmorphism, skeletal anomalies, and impaired intellectual development syndrome-1 in two new patients with the same homozygous TMCO1 variant and review of the literature

    Abdelrazek, I. M., Holling, T., Harms, F. L., Alawi, M., Omar, T., Abdalla, E. & Kutsche, K., 25.01.2023, in: EUR J MED GENET.

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  3. 2022

  4. Diagnostic potential of extracellular vesicles in meningioma patients

    Ricklefs, F. L., Maire, C. L., Wollmann, K., Dührsen, L., Fita, K. D., Sahm, F., Herold-Mende, C., von Deimling, A., Kolbe, K., Holz, M., Bergmann, L., Fuh, M. M., Schlüter, H., Alawi, M., Reimer, R., Sven, P., Glatzel, M., Westphal, M. & Lamszus, K., 01.12.2022, in: NEURO-ONCOLOGY. 24, 12, S. 2078-2090 13 S.

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  5. Salvage Chemotherapy with Cisplatin, Ifosfamide, and Paclitaxel in Aggressive Variant of Metastatic Castration-Resistant Prostate Cancer

    Amsberg, G. V., Zilles, M., Mansour, W., Gild, P., Alsdorf, W., Kaune, M., Böckelmann, L. C., Hauschild, J., Krisp, C., Rohlfing, T., Saygi, C., Alawi, M., Zielinski, A., Langebrake, C., Su, X., Perner, S., Tilki, D., Schluter, H., Graefen, M., Dyshlovoy, S. & Bokemeyer, C., 29.11.2022, in: INT J MOL SCI. 23, 23, 14948.

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  6. Comprehensive profiling of myxopapillary ependymomas identifies a distinct molecular subtype with relapsing disease

    Bockmayr, M., Harnisch, K., Pohl, L. C., Schweizer, L., Mohme, T., Körner, M., Alawi, M., Suwala, A. K., Dorostkar, M. M., Monoranu, C. M., Hasselblatt, M., Wefers, A. K., Capper, D., Hench, J., Frank, S., Richardson, T. E., Tran, I., Liu, E., Snuderl, M., Engertsberger, L., Benesch, M., von Deimling, A., Obrecht, D., Mynarek, M., Rutkowski, S., Glatzel, M., Neumann, J. E. & Schüller, U., 03.10.2022, in: NEURO-ONCOLOGY. 24, 10, S. 1689-1699 11 S.

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  7. Clinically Relevant KCNQ1 Variants Causing KCNQ1-KCNE2 Gain-of-Function Affect the Ca2+ Sensitivity of the Channel

    Bauer, C. K., Holling, T., Horn, D., Laço, M. N., Abdalla, E., Omar, O. M., Alawi, M. & Kutsche, K., 26.08.2022, in: INT J MOL SCI. 23, 17, 9690.

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  8. Pregnancy-induced maternal microchimerism shapes neurodevelopment and behavior in mice

    Schepanski, S., Chini, M., Sternemann, V., Urbschat, C., Thiele, K., Sun, T., Zhao, Y., Poburski, M., Woestemeier, A., Thieme, M-T., Zazara, D. E., Alawi, M., Fischer, N., Heeren, J., Vladimirov, N., Woehler, A., Puelles, V. G., Bonn, S., Gagliani, N., Hanganu-Opatz, I. L. & Arck, P. C., 05.08.2022, in: NAT COMMUN. 13, 1, 4571.

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  9. Cardiofacioneurodevelopmental syndrome: Report of a novel patient and expansion of the phenotype

    Abdalla, E., Alawi, M., Meinecke, P., Kutsche, K. & Harms, F. L., 08.2022, in: AM J MED GENET A. 188, 8, S. 2448-2453 6 S.

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  10. Multiplexed mRNA analysis of brain-derived extracellular vesicles upon experimental stroke in mice reveals increased mRNA content with potential relevance to inflammation and recovery processes

    Bub, A., Brenna, S., Alawi, M., Kügler, P., Gui, Y., Kretz, O., Altmeppen, H., Magnus, T. & Puig, B., 31.05.2022, in: CELL MOL LIFE SCI. 79, 6, S. 329 329.

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  11. Biallelic FRA10AC1 variants cause a neurodevelopmental disorder with growth retardation

    von Elsner, L., Chai, G., Schneeberger, P. E., Harms, F. L., Casar, C., Qi, M., Alawi, M., Abdel-Salam, G. M. H., Zaki, M. S., Arndt, F., Yang, X., Stanley, V., Hempel, M., Gleeson, J. G. & Kutsche, K., 24.05.2022, in: BRAIN. 145, 4, S. 1551-1563 13 S.

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  12. Novel biallelic variants expand the SLC5A6-related phenotypic spectrum

    Holling, T., Nampoothiri, S., Tarhan, B., Schneeberger, P. E., Vinayan, K. P., Yesodharan, D., Roy, A. G., Radhakrishnan, P., Alawi, M., Rhodes, L., Girisha, K. M., Kang, P. B. & Kutsche, K., 04.2022, in: EUR J HUM GENET. 30, 4, S. 439-449 11 S.

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  13. 2021

  14. Transcriptome Analysis in Vulvar Squamous Cell Cancer

    Prieske, K., Alawi, M., Jaeger, A., Wankner, M. C., Eylmann, K., Reuter, S., Lebok, P., Burandt, E., Blessin, N. C., Schmalfeldt, B., Prieske, K., Joosse, S. A. & Woelber, L., 19.12.2021, in: CANCERS. 13, 24, 6372.

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  15. Vertically transferred maternal immune cells promote neonatal immunity against early life infections

    Stelzer, I., Urbschat, C., Schepanski, S., Thiele, K., Triviai, I., Wieczorek, A., Alawi, M., Ohnezeit, D., Kottlau, J., Huang, J., Fischer, N., Mittrücker, H-W., Solano, M. E., Fehse, B., Diemert, A., Stahl, F. & Arck, P., 04.08.2021, in: NAT COMMUN. 12, 1, S. 4706

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  16. Hypoimmune induced pluripotent stem cell-derived cell therapeutics treat cardiovascular and pulmonary diseases in immunocompetent allogeneic mice

    Deuse, T., Tediashvili, G., Hu, X., Gravina, A., Tamenang, A., Wang, D., Connolly, A., Mueller, C., Mallavia, B., Looney, M. R., Alawi, M., Lanier, L. L. & Schrepfer, S., 13.07.2021, in: P NATL ACAD SCI USA. 118, 28, e2022091118.

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  17. Biallelic variants in VPS50 cause a neurodevelopmental disorder with neonatal cholestasis

    Schneeberger, P. E., Nampoothiri, S., Holling, T., Yesodharan, D., Alawi, M., Knisely, A. S., Müller, T., Plecko, B., Janecke, A. R. & Kutsche, K., 26.05.2021, in: BRAIN. 2021, awab206

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  18. The SIRPα-CD47 immune checkpoint in NK cells

    Deuse, T., Hu, X., Agbor-Enoh, S., Jang, M. K., Alawi, M., Saygi, C., Gravina, A., Tediashvili, G., Nguyen, V. Q., Liu, Y., Valantine, H., Lanier, L. L. & Schrepfer, S., 01.03.2021, in: J EXP MED. 218, 3, e20200839.

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  19. Distinct clonal lineages and within-host diversification shape invasive Staphylococcus epidermidis populations

    Both, A., Huang, J., Qi, M., Lausmann, C., Weißelberg, S., Büttner, H., Lezius, S., Failla, A. V., Christner, M., Stegger, M., Gehrke, T., Baig, S., Citak, M., Alawi, M., Aepfelbacher, M. & Rohde, H., 02.2021, in: PLOS PATHOG. 17, 2, S. e1009304

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  20. Deep (Meta)genomics and (Meta)transcriptome Analyses of Fungal and Bacteria Consortia From Aircraft Tanks and Kerosene Identify Key Genes in Fuel and Tank Corrosion

    Krohn, I., Bergmann, L., Qi, M., Indenbirken, D., Han, Y., Perez-Garcia, P., Katzowitsch, E., Hägele, B., Lübcke, T., Siry, C., Riemann, R., Alawi, M. & Streit, W. R., 2021, in: FRONT MICROBIOL. 12, 722259.

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  21. 2020

  22. Bi-allelic Pathogenic Variants in HS2ST1 Cause a Syndrome Characterized by Developmental Delay and Corpus Callosum, Skeletal, and Renal Abnormalities

    Schneeberger, P. E., von Elsner, L., Barker, E. L., Meinecke, P., Marquardt, I., Alawi, M., Steindl, K., Joset, P., Rauch, A., Zwijnenburg, P. J. G., Weiss, M. M., Merry, C. L. R. & Kutsche, K., 03.12.2020, in: AM J HUM GENET. 107, 6, S. 1044-1061 18 S.

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  23. Differential regulation of extracellular matrix proteins in three recurrent liver metastases of a single patient with colorectal cancer

    Voß, H., Wurlitzer, M., Smit, D. J., Ewald, F., Alawi, M., Spohn, M., Indenbirken, D., Omidi, M., David, K., Juhl, H., Simon, R., Sauter, G., Fischer, L., Izbicki, J. R., Molloy, M. P., Nashan, B., Schlüter, H. & Jücker, M., 12.2020, in: CLIN EXP METASTAS. 37, 6, S. 649-656 8 S.

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  24. Glioma escape signature and clonal development under immune pressure

    Maire, C. L., Mohme, M., Bockmayr, M., Fita, K. D., Riecken, K., Börnigen, D., Alawi, M., Failla, A. V., Kolbe, K., Zapf, S., Holz, M., Neumann, K., Dührsen, L., Lange, T., Fehse, B., Westphal, M. & Lamszus, K., 01.10.2020, in: J CLIN INVEST. 130, 10, S. 5257-5271 15 S.

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  25. Biallelic loss-of-function variants in TBC1D2B cause a neurodevelopmental disorder with seizures and gingival overgrowth

    Harms, F. L., Parthasarathy, P., Zorndt, D., Alawi, M., Fuchs, S., Halliday, B. J., McKeown, C., Sampaio, H., Radhakrishnan, N., Radhakrishnan, S. K., Gorce, M., Navet, B., Ziegler, A., Sachdev, R., Robertson, S. P., Nampoothiri, S. & Kutsche, K., 09.2020, in: HUM MUTAT. 41, 9, S. 1645-1661 17 S.

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  26. Exome sequencing in 38 patients with intracranial aneurysms and subarachnoid hemorrhage

    Sauvigny, T., Alawi, M., Krause, L., Renner, S., Spohn, M., Busch, A., Kolbe, V., Altmüller, J., Löscher, B-S., Franke, A., Brockmann, C., Lieb, W., Westphal, M., Schmidt, N. O., Regelsberger, J. & Rosenberger, G., 09.2020, in: J NEUROL. 267, 9, S. 2533-2545 13 S.

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  27. Genomic characterization of vulvar squamous cell carcinoma

    Prieske, K., Alawi, M., Oliveira-Ferrer, L., Jaeger, A., Eylmann, K., Burandt, E., Schmalfeldt, B., Joosse, S. A. & Woelber, L., 09.2020, in: GYNECOL ONCOL. 158, 3, S. 547-554 8 S.

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  28. Biallelic MADD variants cause a phenotypic spectrum ranging from developmental delay to a multisystem disorder

    Schneeberger, P. E., Kortüm, F., Korenke, G. C., Alawi, M., Santer, R., Woidy, M., Buhas, D., Fox, S., Juusola, J., Alfadhel, M., Webb, B. D., Coci, E. G., Abou Jamra, R., Siekmeyer, M., Biskup, S., Heller, C., Maier, E. M., Javaher-Haghighi, P., Bedeschi, M. F., Ajmone, P. F., Iascone, M., Peeters, H., Ballon, K., Jaeken, J., Rodríguez Alonso, A., Palomares-Bralo, M., Santos-Simarro, F., Meuwissen, M. E. C., Beysen, D., Kooy, R. F., Houlden, H., Murphy, D., Doosti, M., Karimiani, E. G., Mojarrad, M., Maroofian, R., Noskova, L., Kmoch, S., Honzik, T., Cope, H., Sanchez-Valle, A., Undiagnosed Diseases Network, Gelb, B. D., Kurth, I., Hempel, M. & Kutsche, K., 01.08.2020, in: BRAIN. 143, 8, S. 2437-2453 17 S.

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  29. High-resolution analysis of Merkel Cell Polyomavirus in Merkel Cell Carcinoma reveals distinct integration patterns and suggests NHEJ and MMBIR as underlying mechanisms

    Czech-Sioli, M., Günther, T., Therre, M., Spohn, M., Indenbirken, D., Theiss, J., Riethdorf, S., Qi, M., Alawi, M., Wülbeck, C., Fernandez-Cuesta, I., Esmek, F., Becker, J. C., Grundhoff, A. & Fischer, N., 08.2020, in: PLOS PATHOG. 16, 8, e1008562.

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  30. Clonal Evolution after Allogeneic Hematopoietic Stem Cell Transplantation

    Christopeit, M., Badbaran, A., Alawi, M., Flach, J., Fehse, B. & Kröger, N., 07.2020, in: BIOL BLOOD MARROW TR. 26, 7, S. e167-e170

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  31. A prenatally disrupted airway epithelium orchestrates the fetal origin of asthma in mice

    Zazara-Giannou, D., Wegmann, M., Giannou, A. D., Hierweger, A. M., Alawi, M., Thiele, K., Huber, S., Pincus, M., Muntau, A. C., Solano, M. E. & Arck, P. C., 06.2020, in: J ALLERGY CLIN IMMUN. 145, 6, S. 1641-1654 14 S.

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  32. Molecular profiling of an osseous metastasis in glioblastoma during checkpoint inhibition: potential mechanisms of immune escape

    Mohme, M., Maire, C. L., Schliffke, S., Joosse, S. A., Alawi, M., Matschke, J., Schüller, U., Dierlamm, J., Martens, T., Pantel, K., Riethdorf, S., Lamszus, K. & Westphal, M., 09.03.2020, in: ACTA NEUROPATHOL COM. 8, 1, 28.

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  33. Pan-cancer analysis of whole genomes

    ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium, 02.2020, in: NATURE. 578, 7793, S. 82-93 12 S.

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  34. 2019

  35. Characterization of novel, recurrent genomic rearrangements as sensitive MRD targets in childhood B-cell precursor ALL

    Zur Stadt, U., Alawi, M., Adao, M., Indenbirken, D., Escherich, G. & Horstmann, M. A., 29.11.2019, in: BLOOD CANCER J. 9, 12, S. 96

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  36. DAMIAN an open source bioinformatics tool for fast, systematic and cohort based analysis of microorganisms in diagnostic samples

    Alawi, M., Burkhardt, L., Indenbirken, D., Reumann, K., Christopeit, M., Kröger, N., Lütgehetmann, M., Aepfelbacher, M., Fischer, N. & Grundhoff, A., 14.11.2019, in: SCI REP-UK. 9, 1, S. 16841

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  37. Biallelic and De Novo Variants in DONSON Reveal a Clinical Spectrum of Cell Cycle-opathies with Microcephaly, Dwarfism and Skeletal Abnormalities

    Karaca, E., Posey, J. E., Bostwick, B., Liu, P., Gezdirici, A., Yesil, G., Coban Akdemir, Z., Bayram, Y., Harms, F. L., Meinecke, P., Alawi, M., Bacino, C. A., Sutton, V. R., Kortüm, F. & Lupski, J. R., 10.2019, in: AM J MED GENET A. 179, 10, S. 2056-2066 11 S.

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  38. Alternative interaction sites in the influenza A virus nucleoprotein mediate viral escape from the importin-α7 mediated nuclear import pathway

    Resa-Infante, P., Bonet, J., Thiele, S., Alawi, M., Stanelle-Bertram, S., Tuku, B., Beck, S., Oliva, B. & Gabriel, G., 09.2019, in: FEBS J. 286, 17, S. 3374-3388 15 S.

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  39. Next-generation sequencing of 32 genes associated with hereditary aortopathies and related disorders of connective tissue in a cohort of 199 patients

    Renner, S., Schüler, H., Alawi, M., Kolbe, V., Rybczynski, M., Woitschach, R., Sheikhzadeh, S., Stark, V. C., Olfe, J., Roser, E., Seggewies, F. S., Mahlmann, A., Hempel, M., Hartmann, M. J., Hillebrand, M., Wieczorek, D., Volk, A. E., Kloth, K., Koch-Hogrebe, M., Abou Jamra, R., Mitter, D., Altmüller, J., Wey-Fabrizius, A., Petersen, C., Rau, I., Borck, G., Kubisch, C., Mir, T. S., von Kodolitsch, Y., Kutsche, K. & Rosenberger, G., 08.2019, in: GENET MED. 21, 8, S. 1832-1841 10 S.

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  40. Lineage-specific control of TFIIH by MITF determines transcriptional homeostasis and DNA repair

    Seoane, M., Buhs, S., Iglesias, P., Strauss, J., Puller, A-C., Müller, J., Gerull, H., Feldhaus, S., Alawi, M., Brandner, J. M., Eggert, D., Du, J., Thomale, J., Wild, P. J., Zimmermann, M., Sternsdorf, T., Schumacher, U., Nollau, P., Fisher, D. E. & Horstmann, M. A., 05.2019, in: ONCOGENE. 38, 19, S. 3616-3635 20 S.

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  41. T-lymphocyte-specific knockout of IKK-2 or NEMO induces T17 cells in an experimental nephrotoxic nephritis mouse model

    Guo, L., Huang, J., Chen, M., Piotrowski, E., Song, N., Zahner, G., Paust, H-J., Alawi, M., Geffers, R. & Thaiss, F., 02.2019, in: FASEB J. 33, 2, S. 2359-2371 13 S.

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  42. TDP-43 enhances translation of specific mRNAs linked to neurodegenerative disease

    Neelagandan, N., Gonnella, G., Dang, S., Janiesch, P. C., Miller, K. K., Küchler, K., Marques, R. F., Indenbirken, D., Alawi, M., Grundhoff, A., Kurtz, S. & Duncan, K. E., 10.01.2019, in: NUCLEIC ACIDS RES. 47, 1, S. 341-361 21 S.

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  43. 2018

  44. Coinheritance of biallelic SLURP1 and SLC39A4 mutations cause a severe genodermatosis with skin peeling and hair loss all over the body

    Harms, F. L., Nampoothiri, S., Kortüm, F., Thomas, J., Panicker, V. V., Alawi, M., Altmüller, J., Yesodharan, D. & Kutsche, K., 11.2018, in: BRIT J DERMATOL. 179, 5, S. 1192-1194 3 S.

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  45. Reply: ATAD1 encephalopathy and stiff baby syndrome: a recognizable clinical presentation

    Piard, J., Essien Umanah, G. K., Harms, F. L., Abalde-Atristain, L., Amram, D., Chang, M., Chen, R., Alawi, M., Salpietro, V., Rees, M. I., Chung, S-K., Houlden, H., Verloes, A., Dawson, T. M., Dawson, V. L., Van Maldergem, L. & Kutsche, K., 01.06.2018, in: BRAIN. 141, 6, S. e50

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  46. Clinical and genetic spectrum of AMPD2-related pontocerebellar hypoplasia type 9

    Kortüm, F., Jamra, R. A., Alawi, M., Berry, S. A., Borck, G., Helbig, K. L., Tang, S., Huhle, D., Korenke, G. C., Hebbar, M., Shukla, A., Girisha, K. M., Steinlin, M., Waldmeier-Wilhelm, S., Montomoli, M., Guerrini, R., Lemke, J. R. & Kutsche, K., 05.2018, in: EUR J HUM GENET. 26, 5, S. 695-708 14 S.

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  47. A homozygous ATAD1 mutation impairs postsynaptic AMPA receptor trafficking and causes a lethal encephalopathy

    Piard, J., Umanah, G. K. E., Harms, F. L., Abalde-Atristain, L., Amram, D., Chang, M., Chen, R., Alawi, M., Salpietro, V., Rees, M. I., Chung, S-K., Houlden, H., Verloes, A., Dawson, T. M., Dawson, V. L., Van Maldergem, L. & Kutsche, K., 01.03.2018, in: BRAIN. 141, 3, S. 651-661 11 S.

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  48. Elsahy-Waters syndrome is caused by biallelic mutations in CDH11

    Harms, F. L., Nampoothiri, S., Anazi, S., Yesodharan, D., Alawi, M., Kutsche, K. & Alkuraya, F. S., 02.2018, in: AM J MED GENET A. 176, 2, S. 477-482 6 S.

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  49. The novel RAF1 mutation p.(Gly361Ala) located outside the kinase domain of the CR3 region in two patients with Noonan syndrome, including one with a rare brain tumor

    Harms, F. L., Alawi, M., Amor, D. J., Tan, T. Y., Cuturilo, G., Lissewski, C., Brinkmann, J., Schanze, D., Kutsche, K. & Zenker, M., 02.2018, in: AM J MED GENET A. 176, 2, S. 470-476 7 S.

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  50. 2017

  51. Long-term CD38 saturation by daratumumab interferes with diagnostic myeloma cell detection

    Oberle, A., Brandt, A., Alawi, M., Langebrake, C., Janjetovic, S., Wolschke, C., Schütze, K., Bannas, P., Kröger, N., Koch-Nolte, F., Bokemeyer, C. & Binder, M., 09.2017, in: HAEMATOLOGICA. 102, 9, S. e368-e370

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  52. Comparative study of whole genome amplification and next generation sequencing performance of single cancer cells

    Babayan, A., Alawi, M., Gormley, M., Müller, V., Wikman, H., McMullin, R. P., Smirnov, D. A., Li, W., Geffken, M., Pantel, K. & Joosse, S. A., 22.08.2017, in: ONCOTARGET. 8, 34, S. 56066-56080 15 S.

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  53. Optimization of design and production strategies for novel adeno-associated viral display peptide libraries

    Körbelin, J., Hunger, A., Alawi, M., Sieber, T., Binder, M. & Trepel, M., 08.2017, in: GENE THER. 24, 8, S. 470-481

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  54. Recovery of the first full-length genome sequence of a parapoxvirus directly from a clinical sample

    Günther, T., Haas, L., Alawi, M., Wohlsein, P., Marks, J., Grundhoff, A., Becher, P. & Fischer, N., 16.06.2017, in: SCI REP-UK. 7, 1, S. 3734

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  55. Monitoring multiple myeloma by next-generation sequencing of V(D)J rearrangements from circulating myeloma cells and cell-free myeloma DNA

    Oberle, A., Brandt, A., Voigtländer, M., Thiele, B., Radloff, J., Schulenkorf, A., Alawi, M., Akyüz, N., März, M., Ford, C. T., Krohn-Grimberghe, A. & Binder, M., 06.2017, in: HAEMATOLOGICA. 102, 6, S. 1105-1111

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  56. Pregnancy-Related Immune Adaptation Promotes the Emergence of Highly Virulent H1N1 Influenza Virus Strains in Allogenically Pregnant Mice

    Engels, G., Hierweger, A. M., Hoffmann, J., Thieme, R., Thiele, S., Bertram, S., Dreier, C., Resa-Infante, P., Jacobsen, H., Thiele, K., Alawi, M., Indenbirken, D., Grundhoff, A., Siebels, S., Fischer, N., Stojanovska, V., Muzzio, D., Jensen, F., Karimi, K., Mittrücker, H-W., Arck, P. C. & Gabriel, G., 08.03.2017, in: CELL HOST MICROBE. 21, 3, S. 321-333 13 S.

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  57. Novel poly-uridine insertion in the 3'UTR and E2 amino acid substitutions in a low virulent classical swine fever virus

    Coronado, L., Liniger, M., Muñoz-González, S., Postel, A., Pérez, L. J., Pérez-Simó, M., Perera, C. L., Frías-Lepoureau, M. T., Rosell, R., Grundhoff, A., Indenbirken, D., Alawi, M., Fischer, N., Becher, P., Ruggli, N. & Ganges, L., 03.2017, in: VET MICROBIOL. 201, S. 103-112 10 S.

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